結核診断と薬剤耐性の検出のための新しい武器：結核のための機械学習と組み合わせた新しい世代の標的シーケンス（TNG）
文献レポート：CCA：TNGと機械学習に基づく診断モデル。これは、細菌性結核症や結核性髄膜炎の人に適しています。
論文のタイトル：結核標的な次世代シーケンスと機械学習：不浸透性肺管状および尿細管髄膜炎のための超敏感な診断戦略。
定期刊行物：《クリニカ・チミカ・アクタ》
場合：6.5
出版日：2024年1月
中国科学アカデミーおよび北京胸部胸部病院の首都科学大学病院と組み合わせて、マクロ＆マイクロテストは、超高度を提供する新世代のターゲットシーケンス（TNGS）テクノロジーおよび機械学習方法に基づいて結核診断モデルを確立しました。細菌と結核性髄膜炎を伴う結核の検出感度は、の臨床診断のための新しい過敏症診断方法を提供しました2種類の結核、および結核の正確な診断、薬剤耐性の検出、治療に役立ちました。同時に、TBMの診断における臨床サンプリングに適したサンプルタイプとして患者の血漿CFDNAを使用できることがわかっています。
この研究では、227の血漿サンプルと脳脊髄液サンプルを使用して2つの臨床コホートを確立しました。このコホートサンプルを使用して、結核診断の機械学習モデルを確立し、臨床診断コホートサンプルを使用して確立されたものを使用して使用されました。診断モデル。すべてのサンプルは、結核菌の特別に設計された標的キャプチャプローブプールによって最初に標的を絞っていました。次に、TB-TNGSシーケンスデータに基づいて、決定ツリーモデルを使用して、実験室の診断キューのトレーニングと検証セットで5倍の交差検証を実行し、プラズマサンプルと脳脊髄液サンプルの診断しきい値を取得します。得られたしきい値は、検出のために臨床診断キューの2つのテストセットに入れられ、学習者の診断パフォーマンスはROC曲線によって評価されます。最後に、結核の診断モデルが得られました。
図1研究デザインの概略図
結果：この研究で決定されたCSF DNAサンプル（AUC = 0.974）および血漿CFDNAサンプル（AUC = 0.908）の特定のしきい値に従って、227のサンプルの中で、CSFサンプルの感度は97.01％で、特異性は95.65％でした。血漿サンプルの感度と特異性は82.61％と86.36％でした。 TBM患者からの血漿CfDNAおよび脳脊髄液DNAの44の対になったサンプルの分析では、この研究の診断戦略は、血漿CfDNAおよび脳脊髄液DNAで90.91％（40/44）の一貫性があり、感度は95.45％です。 （42/44）。肺結核の子供では、この研究の診断戦略は、同じ患者の胃液サンプルのXpert検出結果よりも血漿サンプルに対してより敏感です（28.57％対15.38％）。
図2集団サンプルの結核診断モデルの分析パフォーマンス
図3ペアサンプルの診断結果
結論：この研究では、結核の過敏な診断方法が確立されました。これは、乏酸菌（陰性培養）の臨床患者に最も高い検出感度を持つ診断ツールを提供できます。血漿CfDNAに基づく過敏性結核の検出は、活性結核と結核髄膜炎の診断に適したサンプルタイプである可能性があります（血漿サンプルは、脳結核の疑いのある患者の脳脊髄液よりも収集が簡単です）。
オリジナルリンク：https：//www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990？ ％3dihub経由
マクロおよびマイクロテスト結核シリーズ検出製品の簡単な紹介
結核患者の複雑なサンプル状況とさまざまなニーズを考慮して、Macro＆Micro-Testは、Sputumサンプル、Qualcomm Libraryの構築とシーケンス、およびデータ分析からの液化抽出のためのNGSソリューションの完全なセットを提供します。製品は、結核患者の迅速な診断、結核の薬剤耐性検出、結核菌およびNTMのタイピング、細菌陰性の結核および結核の人々の過敏症診断をカバーしています。
結核とマイコバクテリアのためのシリアル検出キット：
| アイテム番号 | 製品名 | 製品テストコンテンツ | サンプルタイプ | 適用されるモデル |
| HWTS-3012 | サンプルリリースエージェント | Sputumサンプルの液化処理で使用されているため、ファーストクラスのレコード番号、Sutong Machinery機器20230047が得られました。 | 喀痰 | |
| HWTS-NGS-P00021 | 過敏性結核のためのQualcomm数量検出キット（プローブキャプチャメソッド） | 細菌陰性の肺結核および脳結節の非侵襲的（液体生検）過敏症検出。結核または結核性菌菌菌に感染していると疑われる人々のサンプルは、高濃度のシーケンスメタゲノミクス、および結核または結核性の菌菌の検出情報が感染し、菌菌硬化症の主要な薬物耐性情報が感染したかどうかの検出情報によって分析されました。提供されました。 | 末梢血、肺胞洗浄液、水吸引および腹水、焦点穿刺サンプル、脳脊髄液。 | 第二世代 |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacteriumタイピングおよび薬剤耐性検出キット（マルチプレックス増幅シーケンス方法） | MTBCおよび187 NTMを含むMycobacteriumタイピングテスト；マイコバクテリウム結核の薬剤耐性検出は、薬剤耐性遺伝子の13の薬物と16のコア変異部位をカバーしています。 | sput、肺胞洗浄液、水吸引および腹水、焦点穿刺サンプル、脳脊髄液。 | 第2世代/第3世代のデュアルプラットフォーム |
ハイライト：HWTS-NGS-T001 Mycobacteriumタイピングおよび薬剤耐性検出キット（多重増幅方法）
製品の紹介
この製品は、NTM治療ガイドラインで一般的に使用されるWHO TB治療ガイドライン、マクロライドおよびアミノグリコシドに記載されている主な第1および第2行薬に基づいており、薬物耐性部位は、薬物耐性関連部位のすべてのグループをカバーしています。 WHO Mycobacterium tuberculosis complex変異カタログ、および高得点の調査と統計に従って、他の報告された薬剤耐性遺伝子および突然変異部位国内外の文学。
タイピング識別は、Tuberculosis and Respiratory Diseasesの中国ジャーナルが発行したNTMガイドラインと専門家のコンセンサスにまとめられたNTM株に基づいています。設計されたタイピングプライマーは、190を超えるNTM種を増幅、シーケンス、注釈を付けることができます。
ターゲットを絞った多重PCR増幅技術を通じて、マルチプレックスPCRによってジェノタイピング遺伝子と薬物耐性遺伝子が増幅され、検出される標的遺伝子のアンプリコンの組み合わせが得られました。増幅された製品は、第2世代または第3世代のハイスループットシーケンスライブラリに構築でき、すべての第2世代および第3世代のシーケンスプラットフォームを高強度のシーケンスにかけて、ターゲット遺伝子のシーケンス情報を取得できます。組み込みの参照データベースに含まれる既知の変異（WHO Mycobacterium Tuberculosis Complex comaltationカタログを含む）と比較することにより、薬剤耐性または抗結核剤の感受性に関連する変異が決定されました。マクロとマイクロテストの自己開封されたsputumサンプル治療溶液と組み合わせる臨床的sputサンプルに直接適用されます。
製品検出範囲
34の薬剤耐性関連遺伝子18抗結核薬と6NTM薬が検出され、カバーが検出されました297薬剤耐性サイト; 10種類の結核菌とそれ以上190NTMの種類が検出されました。
表1：18+6個の薬物+190+NTMの情報
製品の利点
強力な臨床適応性：スプートムサンプルは、培養なしで自己溶解剤で直接検出できます。
実験操作は簡単です。増幅操作の最初のラウンドは簡単で、ライブラリの構築は3時間で完了し、作業効率が向上します。
包括的なタイピングと薬剤耐性：MTBおよびNTMのタイピングおよび薬剤耐性部位をカバーします。これは、臨床的懸念、正確なタイピングと薬剤耐性の検出、独立分析ソフトウェアのサポート、およびワンクリックで分析レポートを生成する重要なポイントです。
互換性：製品の互換性、主流のILMおよびMGI/ONTプラットフォームへの適応性。
製品仕様
| 製品コード | 製品名 | 検出プラットフォーム | 仕様 |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacteriumタイピングおよび薬剤耐性検出キット（マルチプレックス増幅方法） | ont、イルミナ、mgi、salus pro | 16/96rxn |
投稿時間：1月23日 - 2024年